Die Anfänge Wilhelmshavens liegen in einem Staatsvertrag: Am 20. Juli 1853 erwarb das Königreich Preußen vom Großherzogtum Oldenburg mit dem Jade-Vertrag ein Gebiet am Jadebusen — die Angaben schwanken zwischen 313 und zunächst 340 Hektar — zum Preis von einer halben Million Taler, zahlbar in drei Tranchen. Zweck des Kaufs war die Errichtung eines Kriegshafens an der Nordsee für die preußische Marine. Die förmliche Besitzergreifung erfolgte am 23. November 1854 durch Prinz Adalbert von Preußen; ein Gesetz vom 15. Mai 1855 führte preußisches Recht im Jadegebiet ein. Beim Kauf lebten in dem Gebiet erst 335 Menschen. Am 17. Juni 1869 wurde der Hafen als erster deutscher Kriegshafen an der Jade eingeweiht; König Wilhelm I. von Preußen gab dem Ort dabei seinen Namen und legte die Schreibweise „Wilhelmshaven“ fest.
Staatsrechtlich war Wilhelmshaven damit eine preußische Stadt — nicht, wie die oldenburgische Umgebung nahelegen könnte, Teil des Großherzogtums Oldenburg. Der Ort gehörte als Exklave zum Landkreis Wittmund und damit zur seit 1866 preußischen Provinz Hannover. 1873 erhielt Wilhelmshaven die Stadtrechte. Diese Konstellation — ein preußischer Marinestützpunkt, vollständig von oldenburgischem Territorium umschlossen — prägte die Verwaltungs- und Siedlungsgeschichte des Jadegebiets bis weit in das 20. Jahrhundert.
Mit der Reichsgründung 1871 wurde Wilhelmshaven Reichskriegshafen an der Nordsee. Bereits am 19. Mai 1870 war die Marinestation der Nordsee aufgestellt worden, die ihren Sitz in Wilhelmshaven hatte und die Festungen, Ausbildungseinrichtungen und Seestreitkräfte ihres Kommandobereichs führte. Zu ihrer Struktur gehörte 1914 die II. Marineinspektion mit der II. Matrosendivision, der II. Werftdivision und der II. Torpedodivision sowie Artillerieabteilungen und Depots. Wilhelmshaven war damit neben Kiel eines der beiden Kommandozentren der Kaiserlichen Marine.
Kern des Standorts war die Werft: 1867 zur Marinewerft des Norddeutschen Bundes ernannt, wurde sie 1871 in Kaiserliche Werft Wilhelmshaven umbenannt. Hier entstanden Großschiffe wie SMS Großer Kurfürst (1875/78), SMS Kaiser Friedrich III. (1896/98), das erste deutsche Großlinienschiff SMS Nassau (1908/09), SMS Ostfriesland (1909/11), SMS König (1913/14) und der Große Kreuzer SMS Hindenburg (1915/17). Von 1906 bis 1908 wurden die Docks IV bis VI gebaut; am 15. Oktober 1909 wurde die dritte Hafeneinfahrt mit Doppelkammerschleuse eingeweiht, ausgelegt für die neuen Großkampfschiffe. Anfang 1914 beschäftigte die Werft etwa 11.500 Mitarbeiter, bis Ende 1918 wuchs die Belegschaft auf rund 21.000. Nach 1921 firmierte der Betrieb als Reichsmarinewerft; seit 1957 dient das Gelände als Marinearsenal der Bundesmarine beziehungsweise der Deutschen Marine.
Unmittelbar an die preußische Stadt grenzten die oldenburgischen Gemeinden Bant, Heppens und Neuende, deren Wachstum mit den Hafenbaumaßnahmen in Wilhelmshaven zusammenhing — viele Werftarbeiter wohnten auf oldenburgischem Gebiet. Am 1. November 1902 wurden die drei Gemeinden zum Amt Rüstringen zusammengefasst, am 1. Mai 1911 zur Stadt Rüstringen vereinigt, die mit rund 48.000 Einwohnern die größte Stadt im Großherzogtum Oldenburg war — größer als die Residenzstadt Oldenburg selbst. Erst 1937 wurden das preußische Wilhelmshaven und das oldenburgische Rüstringen zur neuen, nunmehr oldenburgischen Stadt Wilhelmshaven vereinigt.
Das Wachstum der Marinestadt verlief in Schüben: 1871 zählte Wilhelmshaven 3.053 Einwohner, 1900 bereits 22.682 und 1910 schließlich 35.044 — zusammen mit Rüstringen lebten am Jadebusen vor dem Ersten Weltkrieg über 80.000 Menschen. Der Flottengründungsplan von 1873 hatte Hafenerweiterungen bis 1886 angestoßen, 1888 folgte der Ems-Jade-Kanal, ab 1900 der Umbau der Anlagen für die neuen Großkampfschiffe. Im Ersten Weltkrieg wurden Wilhelmshaven und Rüstringen zur Festung erklärt; von hier lief die Hochseeflotte 1916 zur Skagerrakschlacht aus, der größten Seeschlacht des Krieges.
Das Kriegsende machte Wilhelmshaven zum Schauplatz der Revolution: Am 29. und 30. Oktober 1918 kam es auf der Schillig-Reede zu Meutereien auf Schiffen der Hochseeflotte, die dem Kieler Matrosenaufstand vorausgingen; am 6. November 1918 bildete sich in Wilhelmshaven ein Arbeiter- und Soldatenrat mit dem sogenannten 21er-Rat, begleitet von einer Demonstration von über 20.000 Marineangehörigen. Der Versailler Vertrag traf die Wirtschaft der Jadestädte hart: Der Militärschiffbau war 1918 beendet, die Werft durfte zunächst keine neuen Schiffe bauen — erst Anfang 1925 lief mit dem Leichten Kreuzer Emden wieder ein Neubau vom Stapel. Die auf Flotte und Werft gegründete Stadt verlor mit dem Kaiserreich ihre wirtschaftliche Grundlage.
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