Altona entstand im Schatten Hamburgs und wurde über zwei Jahrhunderte von Kopenhagen aus regiert. Nach dem Aussterben der schauenburgischen Linie Holstein-Pinneberg fiel der Ort 1640 an den dänischen König; am 23. August 1664 verlieh Friedrich III. von Dänemark das Stadtrecht, verbunden mit Zoll-, Stapel- und Gewerbefreiheiten. Der Hafen erhielt im selben Jahr den Status eines Freihafens, des ersten in Nordeuropa. Als bewusst geförderte Konkurrenzstadt lag Altona in dauerndem Streit mit der Nachbarin Hamburg: Erst 1692 erkannte Hamburg das Altonaer Stadtprivileg an, erst 1740 endete der seit 1591 schwelende Grenzkonflikt durch Vergleich. Nach der dänischen Niederlage von 1864 und dem Krieg von 1866 wurde Schleswig-Holstein 1867 preußische Provinz; mit ihr kam Altona 1871 an das Deutsche Reich.
Mit dem Reich kam das Militär in großem Stil. Das am 11. Oktober 1866 errichtete IX. Armee-Korps verlegte sein Generalkommando 1871 von Schleswig an die Elbseite der Palmaille in Altona. Von hier aus wurde ein Korpsbereich geführt, der weit über die Stadt hinausreichte: 1914 unterstanden dem Korps die 17. Division in Schwerin und die 18. Division in Flensburg, dazu Verbände von Schleswig-Holstein über die Hansestädte bis nach Mecklenburg, etwa das Lübecker Infanterie-Regiment Nr. 162, das Infanterie-Regiment Nr. 163 in Neumünster, das Lauenburgische Jäger-Bataillon Nr. 9 in Ratzeburg und das Pionier-Bataillon Nr. 9 in Harburg. An der Spitze standen namhafte Kommandierende Generale, darunter Gustav von Manstein (1867–1873), Alfred von Waldersee (1891–1898) und Ferdinand von Quast (1913–1917).
Kern der Altonaer Garnison war das Infanterie-Regiment „Graf Bose“ (1. Thüringisches) Nr. 31, dessen Stiftungstag auf den 6. September 1812 festgelegt wurde und das aus der Russisch-Deutschen Legion hervorgegangen 1815 in die Preußische Armee übernommen worden war. Am 3./4. Juli 1871, unmittelbar nach dem Deutsch-Französischen Krieg, bezog es Altona als neue Garnison, zunächst in der Central- und der Kavalleriekaserne. Seinen Namen erhielt es am 11. August 1894 nach dem General Julius von Bose, der das Regiment 1866 kommandiert hatte. Hinzu trat die Artillerie in Bahrenfeld: Ab 1899 lagen Stab und II. Abteilung des Lauenburgischen Feldartillerie-Regiments Nr. 45 in der Alten Artilleriekaserne, und das 1912 errichtete Lauenburgische Fußartillerie-Regiment Nr. 20 gehörte als Korpstruppe des IX. Armee-Korps nach Altona.
Die Kasernenbauten prägen das Stadtbild teilweise bis heute. Zwischen 1878 und 1883 entstand in Altona-Nord die Viktoria-Kaserne für das Infanterie-Regiment Nr. 31, benannt nach der Viktoriastraße, der heutigen Eggerstedtstraße. Nach der Novemberrevolution übernahm die Polizei das Gelände; von 1923 bis 1937 diente es als Polizeipräsidium Altona, nach 1945 als Polizeischule und Flüchtlingsunterkunft. 2011 wurde der erhaltene Block III unter Denkmalschutz gestellt, 2015 erwarb die Genossenschaft fux eG das Gebäude, das heute Ateliers, ein Kino und kulturelle Einrichtungen beherbergt. In Bahrenfeld war 1894 die Artilleriekaserne an der Theodorstraße, Ecke Luruper Chaussee errichtet worden; bis 1914 kam westlich der Kreuzung von Möllner Straße und Luruper Chaussee die Neue Artilleriekaserne für die Fußartillerie hinzu.
Im Ersten Weltkrieg trat das IX. Armee-Korps im Verband der 1. Armee unter Generaloberst Alexander von Kluck an die Westfront: Es kämpfte im August 1914 bei Mons, an der Marne, ab Juli 1916 an der Somme und im März 1918 in der Michael-Offensive. Das Infanterie-Regiment Nr. 31 machte nach der Mobilmachung vom 2. bis 6. August 1914 die Gefechte an der Gette, bei Mons, an der Marne und der Aisne sowie in den Vogesen mit; es wurde am 5. Januar 1919 aufgelöst. Das Feldartillerie-Regiment Nr. 45 verlor 326 Gefallene. Während des Krieges hatte neben dem IX. Armee-Korps auch das neu aufgestellte IX. Reserve-Korps sein Generalkommando an der Palmaille.
Als Stadt erlebte Altona im Kaiserreich einen steilen Aufstieg. Die Einwohnerzahl wuchs von 84.097 im Jahr 1875 auf 143.249 nach den Eingemeindungen von Ottensen (1889) sowie Bahrenfeld, Övelgönne und Othmarschen (1890); 1884 überschritt Altona die Großstadtgrenze, 1910 zählte es 172.628 Einwohner. Wirtschaftlich stützte sich die Stadt auf ihren Hafen: 1913 war Altona Deutschlands größter Anlandeplatz und Industriestandort für Fisch. Das Verhältnis zur übermächtigen Nachbarin Hamburg blieb von Konkurrenz geprägt, bis die Politik die Frage entschied: Mit den Eingemeindungen von 1927 wurde Altona zur größten Stadt Schleswig-Holsteins, doch das Groß-Hamburg-Gesetz schlug die Stadt zum 1. April 1937 dem Land Hamburg zu; am 1. April 1938 endete ihre Selbstständigkeit durch die Eingemeindung in die Hansestadt. Das ehemalige preußische Altona ist seither ein Bezirk Hamburgs.
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